Cabe ao Ministério Público Federal o encargo de velar por todas as fundações governamentais, quando sediadas no Distrito Federal e nos Territórios. 

Somente as fundações autárquicas gozam da prerrogativa prevista no artigo 496, inciso I do Código de Processo Civil, que trata do duplo grau de jurisdição obrigatório. 

O regime jurídico aplicável às fundações públicas de direito privado, inclusive quanto à constituição e ao registro, é exclusivamente de direito público, em razão do disposto no artigo 5º, § 3º do Decreto Lei n. 200/1967, que veda expressamente que lhes sejam aplicáveis as disposições do Código Civil. 

 Por força da previsão expressa contida no § 2º do artigo 150 da Constituição Federal, somente as fundações públicas de direito público gozam da imunidade tributária relativa aos impostos sobre renda, o patrimônio e os serviços federais, estaduais e municipais, sendo que, na esteira do entendimento do Supremo Tribunal Federal, a presunção desta imunidade é juris tantum, cabendo à administração tributária fazer prova de eventual mudança de destinação dos bens da fundação protegidos pela norma constitucional inserta no artigo 150, VI, “a”.

Segundo entendimento doutrinário prevalente, as fundações públicas de direito público têm a sua criação autorizadas por lei.