A despeito de não integrarem a administração direta nem a indireta, as entidades do Sistema S (Sesi, Senai, Sesc, Senat etc.) sujeitam-se à fiscalização do Tribunal de Contas da União.

A autoexecutoriedade dos atos administrativos praticados no exercício do poder de polícia retira da administração o interesse de buscar provimento jurisdicional.

O controle exercido pelos ministérios sobre pessoas jurídicas integrantes da administração pública indireta denomina-se supervisão ministerial e denota modalidade de controle externo por subordinação. 

A legalidade das nomeações para cargo de provimento em comissão está sujeita à apreciação pelos tribunais de contas, para fins de registro.

O controle de mérito dos atos administrativos é atribuído exclusivamente ao Poder Judiciário.