O PNDH3 é estruturado em eixos orientadores e diretrizes temáticas, havendo 6 eixos orientadores e 25 diretrizes.

O eixo orientador VI, dedicado a “Direito à Memória e à Verdade”, estabelece como uma de suas diretrizes o reconhecimento da memória e da verdade como Direito Humano da cidadania e dever do Estado.

O eixo orientador IV, voltado a “Segurança Pública, Acesso à Justiça e Combate à Violência” estabelece como diretriz o combate à violência institucional, com ênfase na erradicação da tortura e na redução da letalidade policial e carcerária

O eixo orientador IV, voltado a “Segurança Pública, Acesso à Justiça e Combate à Violência” não prioriza a aplicação de penas e medidas alternativas à privação de liberdade.

O Eixo Orientador V, dedicado a “Educação e Cultura em Direitos Humanos”, propõe como diretriz o fortalecimento dos princípios da democracia e dos Direitos Humanos nos sistemas de educação básica, nas instituições de ensino superior e nas instituições formadoras;