Apesar do contido no Código de Processo Penal Militar, se o desertor não for julgado dentro de 81 dias, a contar do dia de sua apresentação voluntária ou captura, será posto em liberdade, mesmo se der causa ao retardamento do processo. 

O termo de deserção tem o caráter de instrução pro￾visória e destina-se a fornecer os elementos necessários à propositura da ação penal, sujeitando, desde logo, o desertor à prisão.

A doutrina e a jurisprudência entendem que a concessão de liberdade está abarcada pelas atribuições de polícia judiciária militar, podendo assim ser concedida antes da análise do Conselho de Justiça. 

Uma vez entendida que a prisão cautelar é necessária, persistindo os motivos que alicerçam a necessidade, poderá ser o acusado mantido no cárcere mesmo após o prazo de sessenta dias previsto no Código de Processo Penal Militar. 

Consumado o crime de deserção, o Comandante ou o primeiro Oficial em Serviço que tomar conhecimento do fato, lavrará o respectivo Termo de Deserção que deverá ser remetido à Justiça Militar Estadual.