Não é possível o controle dos atos administrativos praticados pelo Poder Executivo por parte do Poder Judiciário, em face do principio constitucional da separação dos poderes. 

Pode o Poder Judiciário proceder ao controle dos atos praticados pela Administração Pública, inclusive no que diz respeito ao mérito administrativo, isto é, à conveniência e a oportunidade da prática de tais atos, substituindo o Administrador Público. 

Em razão do disposto no Art. 5º, inc. XXXV, da Constituição da República Federativa do Brasil, o qual prevê que "a lei não excluirá da apreciação do Poder Judiciário lesão ou ameaça a direito", pode o Poder Judiciário realizar o controle de legalidade dos atos administrativos vinculados, mas nunca dos atos discricionários. 

O Poder Judiciário tem o poder de confrontar qualquer ato administrativo com a lei ou a Constituição e analisar se há ou não compatibilidade normativa. Esse controle, inclusive, abrange os atos discricionários no que diz respeito à legalidade (ausência de vícios de competência, finalidade, motivo, etc.).