Entre as competências do TCU está a sua função sancionadora, mediante a qual referida corte promove a aplicação de penalidades aos responsáveis, em caso de ilegalidade de despesa ou irregularidade de contas. Essas penalidades, uma vez aplicadas, excluem a aplicação de sanções penais e administrativas pelas autoridades competentes, em razão das mesmas irregularidades constatadas pelo TCU.